Kurikulum Prodi S2/Magister HKI disusun dengan berorientasi pada OBE (Outcome Based Education). Oleh karena itu penyusunan kurikulum S2 HKI mengacu pada KKNI, SN-Dikti dan rumusan Standar Kompetensi Lulusan (SKL) dan Capaian Pembelajaran Lulusan (CPL) Program Magister yang dikeluarkan oleh Dirjen Pendis Kementerian Agama tahun 2018. Kurikulum disusun berdasar kebutuhan dan perkembangan IPTEKS yang dituangkan dalam Capaian Pembelajaran (Learning Outcomes). Dengan skema KKNI, diharapkan lulusan S2 HKI IAIN Salatiga dapat disejajarkan dengan lulusan pendidikan yang setara baik di dalam maupun di luar negeri.
Secara ringkas, kurikulum Prodi Magister HKI diwujudkan dalam dalam 42 SKS. Di samping itu ada dua mata kuliah sebagai bekal persiapan untuk memudahkan mengakses literatur berbahasa asing, yaitu Matrikulasi Bahasa Arab dan Matrikulasi Bahasa Inggris (bobot 0 SKS). Berikut adalah nama-nama mata kuliah pada Prodi Magister HKI dan pendampingan penulisan proposal tesis dalam mata kuliah Seminar Proposal (0 sks). Seminar Proposal dijadikan mata kuliah secara klasikal agar menjamin keberlangsungan dan mempercepat proses penulisan proposal tesis.