Program Studi S2-Pendidikan Agama Islam (Prodi S2-PAI), Pascasarjana, UIN Salatiga diselenggarakan untuk menjawab kebutuhan Pendidikan tinggi khususnya dalam bidang Pendidikan Agama Islam. Prodi S2-PAI dirancang untuk menghasilkan sumberdaya insani yang profesional dan kompeten dalam bidang Pendidikan Agama Islam. Visi Prodi S2-PAI adalah pada tahun 2030 menjadi program magister dalam pengembangan keilmuan bidang pembelajaran Pendidikan Agama Islam yang unggul, transformatif, berbasis riset dan teknologi, serta rujukan bagi pengkajian Islam bernafaskan nilai-nilai Islam ke-Indonesiaan. Dalam rangka mewujudkan visi yang agung tersebut, kami berkomitmen untuk memberikan upaya totalitas yang terbaik yang kami jabarkan dalam misi Prodi S2-PAI. Salah satu distingsi dari Prodi S2-PAI adalah mengembangkan keilmuan dan menjadi rujukan dalam bidang pendidikan agama islam yang bernafaskan nilai-nilai islam ke-Indonesiaan. Hal ini diaktualisasikan dalam berbagai aktivitas kegiatan ilmiah. Salah satu upaya yang dilakukan melalui bingkai mata kuliah studi Al-Qur’an dan Hadis, maupun mata kuliah yang bermuatan moderasi beragama. Selain itu, secara periodik dan berkelanjutan menyelenggarakan kegiatan Interdisciplinary Colloquium dengan tujuan untuk memperkaya pemahaman yang lintas disiplin ilmu maupun lintas agama untuk seluruh civitas akademika di prodi.