Program Studi S2-Pendidikan Agama Islam, Pascasarjana, UIN Salatiga pertama kali diselenggarakan pada tanggal 20 Nopember 2010 berdasarkan SK Dirjen Pendis Kementerian Agama RI Nomor: Dj. I/818/2010 tentang Izin Penyelenggaraan Program Studi. Pada tahun 2013, Prodi S2-PAI memperoleh akreditasi B dari BAN-PT dengan nomor SK: 218/SK/BAN-PT/Ak-XI/M/X/2013. Kemudian, pada tahun 2018 memperoleh status akreditasi A dari BAN-PT dengan nomor SK: 1799/SK/BAN-PT/Akred/M/VII/2018 dan status tersebut diperbaharui pada tahun 2022 dengan SK BAN-PT Nomor: 6800/SK/BAN-PT/Ak-PNB/M/X/2022 karena alih status perguruan tinggi dari IAIN menjadi UIN Salatiga.
Prodi S2-PAI memiliki fokus dalam menyelenggarakan Pendidikan dan pengajaran, penelitian ilmiah dan terapan, serta pengabdian kepada masyarakat dalam bidang Pendidikan Agama Islam yang sesuai dengan perkembangan dan kebutuhan masyarakat dan nilai-nilai keindonesiaan.