Program Studi Magister Ekonomi Syariah (Prodi MES), Pascasarjana, UIN Salatiga pertama kali diselenggarakan tahun 2015 berdasarkan SK Dirjen Pendis Kementerian Agama RI Nomor: 4512 Tahun 2015 tentang Izin Penyelenggaraan Program Studi. Seiring berkembangnya waktu, pada tanggal 30 Maret 2021, Prodi S2-ES memperoleh akreditasi B dari BAN-PT dengan nomor SK: 1698/SK/BAN-PT/Akred/M/III/2021. Kemudian, pada tanggal 19 Oktober 2024 memperoleh status akreditasi Baik Sekali dari BAN-PT dengan nomor SK: 6356/SK/BAN-PT/Ak.KP/M/X/2024. 

Prodi MES Pascasarjana UIN Salatiga memiliki komitmen kuat dalam melaksanakan prinsip continuous improvement (perbaikan berkelanjutan) untuk menjamin mutu pendidikan, penelitian, pengabdian kepada masyarakat, serta tata kelola kelembagaan. Dalam bidang pendidikan, Prodi MES secara konsisten melakukan peninjauan dan penyempurnaan kurikulum agar selalu relevan dengan perkembangan ilmu pengetahuan, kebutuhan dunia kerja, serta dinamika ekonomi syariah global. Pada bidang penelitian dan pengabdian kepada masyarakat, Prodi MES mendorong dosen untuk menghasilkan karya ilmiah yang inovatif, relevan, dan berdampak. Selain itu, dalam aspek pengelolaan kelembagaan, Prodi MES telah melakukan benchmarking ke sejumlah perguruan tinggi terbaik di Indonesia untuk memperoleh praktik-praktik unggul dalam pengelolaan akademik. Secara keseluruhan, Prodi MES Pascasarjana UIN Salatiga tidak hanya mampu mempertahankan mutu, tetapi juga meningkatkan daya saing dan memberikan kontribusi nyata bagi pengembangan ilmu ekonomi syariah di tingkat nasional maupun internasional.