Progam Pascasarjana IAIN Salatiga mengacu berberapa kebijakan dalam bentuk peraturan perundang-undangan dan/atau peraturan pimpinan perguruan tinggi  yang mengatur pemerolehan, pengelolaan, dan penggunaan dana untuk kegiatan pendidikan, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat sebagai berikut:

1. Standar Pembiayaan pendidikan, penelitian dan pengabdian masyarakat mengacu pada Permendikbud RI nomor 3 tahun 2020 tentang Standar Nasional Pendidikan Tinggi Pasal 42-44 tentang Standar Pembiayaan Pembelajaran, Pasal 54-55 tentang Standar Pendanaan dan Pembiayaan Penelitian, dan Pasal 65-66 Standar Pendanaan dan Pembiayaan Pengabdian Masyarakat Sistem dan Sistem Penjamin Mutu Internal LPM UIN Salatiga halaman 20, 35 dan 49 tentang Standar Pembiayaan Pembelajaran, Penelitian, dan Pengabdian kepada Masyarakat (SPMI LPM).
2. UPPS menggunakan Panduan Teknis Bendahara Pengeluaran dari Kementerian Keuangan RI dalam mengelola keuangan. Sedangkan Penetapan Uang Kuliah Tunggal (UKT) di PTKN didasarkan pada KMA No 151 Tahun 2019 tentang Uang Kuliah Tunggal pada Perguruan Tinggi Keagamaan Negeri Tahun Akademik 2019 – 2020. KMA no 725 Tahun 2020 tentang Uang Kuliah Tunggal pada Perguruan Tinggi Keagamaan Negeri Tahun Akademik 2019 – 2020 dan KMA no 176 Tahun 2021 tentang Uang Kuliah Tunggal pada Perguruan Tinggi Keagamaan Negeri Tahun Akademik 2021 – 2022. Sumber dana penelitian dan pengabdian masyarakat pada PTK didasarkan pada PMA nomor 4 Tahun 2020 pasal 20 tentang Pembiayaan Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat pada perguruan tinggi keagamaaan.
3. Perencanaan keuangan mengacu pada SK Kaprodi S2 PAI Nomor: B-462a/In.21/MPs1/HO.00.8/09/2020 tentang Rencana Strategi Prodi S2 PAI tahun 2020-2024, SK Direktur Pascasarjana IAIN Salatiga Nomor:In.36/ DPs/ HO.00.8/405/2020  tentang Rencana Strategis Program Pascasarjana UIN Salatiga tahun 2020-2024, SK Rektor IAIN Salatiga Nomor : 3013/In.21/HO.10.8/08/2020 tentang Rencana Strategis UIN Salatiga, Pedoman Review Rencana Kerja Anggaran Kementerian/Lembaga IAIN Salatiga, dan  PMK No 208/PMK.02/2019 tentang Petunjuk Pelaksanaan Penelaahan rencana Kerja dan Anggaran Kementerian/ Lembaga dan Pengesahan Daftar Isian Pelaksanaan Anggaran. Perancangan anggaran juga menganut pada SOP Pagu Definitif dan indikatif.
4. Pengalokasian dan realisasi keuangan mengacu pada PMK No 78/PMK.02/2019 tentang Standar Biaya Masukan Tahun Anggaran 2020, PMK No 119/PMK.02/2020 tentang Standar Biaya Masukan Tahun Anggaran 2021, PMK No 80/PMK.02/2021 tentang Standar Biaya Masukan Tahun Anggaran 2022,  PMK No 208/PMK.02/2019 tentang Petunjuk Pelaksanaan Penelaahan Rencana Kerja Anggaran Kementerian/Lembaga, dan Pengesahan Daftar Isian Pelaksanaan Anggaran, SK Kuasa Pengguna Anggaran IAIN Salatiga Nomor: B.531/In.21/PR.00.2/01/2021 tentang Pedoman Umum dan Alokasi Anggaran pada Biro AUAK, Fakultas, Pascasarjana, Lembaga, SPI dan UPT Institut Agama Islam Negeri Salatiga. UPPS juga mengacu pada SOP Pelaksanaan anggaran Pascasarjana.
5. Pelaporan dan pertanggungjawaban keuangan; mengacu pada Undang Undang Republik Indonesia No 15 Tahun 2004 tentang Pemeriksaan Pengelolaan dan Tanggung Jawab Keuangan Negara, KMA Nomor 508 tahun 2019 tentang Pedoman Pelaksanaan Sistem Pengendalian Intern Pemerintah pada Kementerian Agama, Pedoman Audit Kinerja IAIN Salatiga, dan Pedoman Review Laporan Keuangan IAIN Salatiga.
6. Berdasarkan Keputusan Menteri Keuangan Republik Indonesia No: 252/KMK.05/2022 UIN Salatiga ditetapkan sebagai instansi yang menerapkan pola pengelolaan keuangan Badan Layanan Umum terhitung sejak tanggal 20 Juni 2022

Progam Pascasarjana IAIN Salatiga mengacu berberapa kebijakan dalam bentuk peraturan perundang-undangan dan/atau peraturan pimpinan perguruan tinggi  yang mengatur pengelolaan dan pemanfaatan prasarana dan sarana pendidikan.sebagai berikut:

1. UPPS mengacu pada SK Rektor IAIN Salatiga Nomor: B-288/In.21/FP.00.0/08/2018 tentang Pedoman Pengelolaan Sarana dan Prasarana IAIN Salatiga dalam mengelola sarana dan prasarana dalam pengelolaan dan pemanfaatan sarana dan prasarana dan Sistem Penjaminan Mutu Internal (SPMI) IAIN Salatiga tentang Standar Sarana dan Prasarana Pembelajaran, Penelitian, dan Pengabdian kepada Masyarakat halaman  16, 30, 45.
2. Berdasarkan SK Rektor Nomor: Sti.241/R/KP.07.6/163/2015 tentang Pengangkatan Kepala Subbagian Perencanaan, Pembiayaan perencanaan sarana dan prasarana dilaksanakan oleh kasubbag Perencanaan IAIN Salatiga yang mengacu pada usulan sarana dan prasarana yang dibutuhkan oleh program studi untuk kemudian disusun dalam Rencana Anggaran Belanja (RAB) dan RKAKL fakultas.
3. Berdasarkan SK Rektor IAIN Salatiga Nomor: B-010/In.21/FP.00/01/2019 tentang Penetapan Pejabat Pengadaan Barang dan Jasa, pengadaan sarana dan prasarana dilaksanakan oleh Pejabat Pengadaan Barang dan Jasa di IAIN Salatiga. Selanjutnya, pengelolaan barang dan jasa dikelola oleh dan Unit Kerja Pengadaan Barang dan Jasa yang didasarkan pada SK Rektor IAIN Salatiga Nomor: B-2141/In.21/FP.01/06/2019 tentang Pengelola Unit Kerja Pengadaan Barang/Jasa IAIN Salatiga. Pengadaan barang mengacu pada kebutuhan dan usulan pengadaan barang oleh progam studi serta fakultas yang dibebankan pada anggaran Daftar Isian Pelaksanaan Anggaran (DIPA) IAIN Salatiga dan Penerimaan Negara Bukan Pajak (PNBP) yang dilakukan setiap tahun.
4. Pemanfaatan dan pemeliharaan sarana dan prasarana mengacu pada SK Rektor IAIN Salatiga Nomor: B-288/In.21/FP.00.0/08/2018 tentang Pedoman Pengelolaan Sarana dan Prasarana IAIN Salatiga. Apabila ada sarana dan prasarana yang rusak, prodi perlu melaporkan ke Petugas Penyimpan Barang Milik Negara, yang didasarkan pada SK Rektor IAIN Salatiga Nomor -012/In.21/FP.04/01/2019 tentang Petugas Penyimpanan Barang Milik Negara. Civitas akademik yang akan menggunakan sarana prasarana perlu mematuhi SOP dalam perijinan/ peminjaman dan penggunaan sarana- prasarana.
5. Penghapusan sarana dan prasarana mengacu pada PMK Nomor: 83/PMK.06/2016 tentang Tata Cara Pemusnahan dan Pengehapusan Barang Milik Negara. Ketika sarana dan prasarana telah habis nilai gunanya atau rusak dan tidak bisa dipergunakan kembali maka dapat diganti dengan yang baru pada setiap tahunnya.
6. UPPS juga memberlakukan beberapa SOP (Standar Operasional Prosedur) dalam menggunakan dan mengelola sarana dan prasarana.